BPTU Padang Mengatas pertama kali didirikan oleh Pemerintah Hindia Belanda (1916), ternak yang dikembangkan adalah kuda dan pada tahun 1935 didatangkan sapi Zebu dari Benggala India untuk dikembang biakan. Pada zaman Revolusi Kemerdekaan (1945 –1949) kegiatannya terhenti, Pada tahun 1950 oleh Wakil Presiden Dr. Moh. Hatta dipugar kembali dan tahun 1951 – 1953 dijadikan sebagai Stasiun Peternakan Pemerintah dan di beri nama Induk Taman Ternak (ITT) Padang Mengatas.Pada tahun 1955 ITT Padang Mengatas merupakan stasiun peternakan yang terbesar di Asia Tenggara, dimana ternak yang dipelihara adalah ternak kuda, sapi, kambing dan ayam. Namun tahun 1958 –1961 terjadi pergolakan PRRI, dan lokasi ITT Padang Mengatas dijadikan sebagai basis pertahanan PRRI sehingga ITT Padang Mengatas rusak berat. Dibenahi kembali oleh Pemerintah Daerah Sumatera Barat pada tahun 1961. Tahun 1973 –1974 Pemerintah Jerman mengadakan kajian di ITT Padang Mengatas maka pada tahun 1974 – 1978 dilakukan kerjasama pembangunan kembali ITT Padang Mengatas antara pemerintah RI & Jerman melalui proyek Agriculture Development Project (ADP ).
Tahun 1978 Proyek ADP berakhir dan diserahkan kepada Departemen Pertanian dengan nama Balai Pembibitan Ternak – Hijauan Makanan Ternak (BPT – HMT) Padang Mengatas sesuai dengan SK Menteri Pertanian RI No. 313/Kpts/Org/1978 dengan wilayah kerja 3 propinsi (Sumbar, Riau dan Jambi). Tahun 1978 Padang Mengatas dibiayai oleh Pemda Sumbar dan Pemerintah Pusat. Barulah tahun 1985 seluruh pembiayaan diambil alih oleh pemerintah pusat. Berdasarkan keputusan Menteri Pertanian Republik Indonesia No.292/Kpts/OT.210/4/2002 tanggal 16 April 2002 berubah nama menjadi Balai Pembibitan Ternak Unggul (BPTU) Sapi Potong Padang Mengatas dengan wilayah kerja meliputi seluruh propinsi di Indonesia.